Гениталната HPV инфекция се предава основно при генитален контакт, обикновено чрез полов акт. Във всички проучвания за разпространение и заболеваемост на HPV най- състоятелен предвестник за инфекция е степента на сексуалната активност, измерена най- вече с броя на сексуалните партньори ( през живота и понастоящем). Клинично проучване показва, че 14.3 % от жените на възраст 18- 25 години с един сексуален партньор през живота си, 22.3 % - с двама и 31.5 % с повече от трима сексуални партньора, имат HPV инфекция. Предаването на HPV чрез други видове генитален контакт без пенетрация ( като орално-генитален, мануално-генитален, генито-генитален) са описани, но те са по- слабо разпространени. Допълнителни рискови фактори за жените включват сексуалното поведение на партньора и имунния статус. По-рядко гениталната HPV инфекция може да се предава по несексуален път. Несексуални пътища на предаване на гениталната HPV инфекция включват предаване от майка на новородено.

Мнозинството HPV инфекции са преходни и безсимптомни и не причиняват клинични проблеми; 70 % от новите HPV инфекции преминават за една година, а приблизително 90 % - за 2 години. Средната продължителност на новите инфекции е 8 месеца. Продължителната инфекция с високорискови типове HPV е най- важният рисков фактор за цервикалните предракови състояния и инвазивния цервикален карцином. HPV 16 е по-онкогенен от другите високорискови HPV типове. Времето между началната HPV инфекция и развитието на цервикален рак е обикновено десетилетия. Много аспекти от естествения ход на HPV инфекцията не са ясни, като например ролята и продължителността на естествено придобития имунитет след HPV инфекция.